用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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相关系数方法


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连线(相关性)颜色
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中:
高:

基因(外圈的带)颜色(可选10种,最多绘制30种)
颜色1-2:
颜色3-4:
颜色5-6:
颜色7-8:
颜色9-10:

其他
基因名与基因带的距离:
基因带宽度:

相关性阈值
若为0,绘制所有不为0的相关系数;若大于0,绘制绝对值>=该值的相关系数


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圆形相关系数

简介
根据基因的表达值计算基因两两间的相关系数,将相关系数矩阵结果用圆形展示,其中红色表示正相关,绿色表示负相关,本质上是一个弦图。调用circlize R包。
数据说明
输入数据为矩阵形式,行为基因,列为样品(请自行转置)。
论文例子
CUL4B promotes prostate cancer progression by forming positive feedback loop with SOX4. Fig 3F
论文写作
Circos graph displaying the co-expression networks of Sat1 with 10 genes in cancer samples. Each sector of the circle represents one gene, and its width indicates the total amount of co-occurrence that connects one certain gene to the other. The width of each link represents the total co-expression times of the linked genes.
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4400+篇google学术,3700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.