用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel存储并调整数据(wps不行),然后粘贴到输入框
3,修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,更多干货,请右下扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,推荐edge或chrome!
2,分析、作图失败,请对照示例检查输入数据格式!
3,智能客服  人工客服  基因名转换  svg编辑器  FC,P转换  常用配色  影响因子  输入检查
新需求及bug提交
必需输入(计算量较大,请勿大量提交)
数据1(例如lncRNA表达值,一般10个以下):


数据2(例如mRNA表达值,一般100个以下):


数据转化


相关系数


默认不对数据进行过滤,可以下载结果后自行过滤

lncRNA-mRNA共表达分析

简介
一般认为具有相同表达模式的基因,可能共同发挥作用。lncRNA和mRNA的表达值,计算lncRNA和mRNA的表达pearson或者spearman相关系数。例如:相关系数>0.9,p<0.05(阈值请参考paper)则正相关,若相关系数<-0.9,p<0.05则负相关。
输入数据
输入为表达矩阵形式。第一行为样品名,剩余行为每个基因的表达值。例如芯片的标准化intensities;RNA-seq的FPKM、TPM、normalized counts等(最好加1,取log2进行数据转化后再计算)。
输出
pearson/spearman相关系数,可以根据相关系数值和p值过滤后,绘制共表达网络图。
示例 示例数据
输出 相关系数及p值

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
900+篇google学术,800+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 07 Jan 2023), an online platform for data analysis and visualization.

4)交流群/公众号