表达谱limma差异分析
简介
本模块调用limma R包进行转录组差异表达分析,可用于affymetrix, agilent microarray芯片信号强度,RNA-seq的FPKM,TPM值等
输入数据
输入为表达矩阵,行是基因,基因名不能有重复,列是样品,样品名不能有特殊符号,不能重复。表达值可以为0,但是不能为空或者NA。默认使用 Benjamini & Hochberg(False discovery rate)算法对p值进行校正。
论文例子
Linear Models for Microarray Data
示例
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示例数据
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输出 |
1,表达谱,原始信号+ normalized 信号。
2,指定比较的差异总表,请使用excel自行过滤挑选差异表达基因
3,挑选后使用本站其他模块绘图:火山图、热图等
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如何引用?
建议直接写网址。4600+篇
google学术,3900+篇
知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.