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2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
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必需输入
原始表达矩阵(行是基因,列是样品),仅支持human
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根据表达谱进行肿瘤纯度计算

简介
原理:利用预先收集好的免疫基因集和基质基因集,通过ssGSEA算法计算每个样本各自基因集的得分。本模块以表达谱为输入,调用estimate R包进行基质细胞打分(StromalScore),免疫细胞打分(ImmuneScore),综合打分(ESTIMATEScore,基质细胞打分和免疫细胞打分的和),肿瘤纯度(TumorPurity)计算
输入数据
输入为表达谱矩阵。行为基因,列为样品,不能有空的单元格。
论文例子
示例 示例数据
输出 输出包括5列:1,样品名;2,stromscore;3,immuscore,4,estimatescore,5,tumor purity。
可以使用这些得分将样品重新分组,计算差异表达等一系列下游分析。

如何引用?

建议直接写网址。3600+篇google学术,2800+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.