用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入(仅支持组比较,例如3vs3)  DESeq2差异分析视频教程   文字教程
数据较少,直接粘贴

数据较多(上传tab分割的txt文件,文件名用英文,不能超过20M)


比较方式(有几个比较就写几行,注意表头需要带上)
共5列:1)实验组样品,2)对照组样品,3)实验组组名,4)对照组组名,5)unpaired或者paired
1、2列样品间以英文逗号分隔,所有名字不要用特殊符号

可选输入
低表达量过滤(行的和小于该值的基因会丢掉,DESEq2官网说过滤不是必需的,默认不过滤)


默认输出全部结果,请下载后使用excel筛选差异基因

此分析将消耗 1 微币

转录组原始count矩阵DESeq2差异表达分析

简介
本模块调用DESeq2对转录组原始表达矩阵(count)进行标准化,并执行差异表达分析。
输入数据
输入为原始count的表达矩阵。行是基因,列是样品,count必需是正整数,可以为0,但是不能为空或者NA。首列是基因名,必需唯一;其他列为每个样品的count,样品名必需唯一。
论文例子
Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
示例 示例数据
输出 1,表达谱,raw count+ normalized count。可以提取具体基因的标准化表达值,(加1,并log2转化后)绘制热图
2,指定比较的差异总表,请使用excel自行过滤挑选差异表达基因

如何引用?

建议直接写网址。3600+篇google学术,2800+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.