用前必读
1,使用输入检查工具检查输入数据,默认仅支持英文字符(部分模块除外)
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后再粘贴到输入框
3,使用SVG图片编辑器修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等,参考inkscape实操
4,生信分析项目合作
5,更多干货,页面右下扫描,关注”微生信“公众号或加群讨论!

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必需输入  GO弦图视频教程   文字教程
绘图数据(1,首列不重复;2,若有logFC列,则该列名字必需是logFC,大小写敏感)


可选输入
图片大小
图片宽度:
图片高度:

文字大小
基因文字大小:
GO图例文字大小:
注意:若logfc没显示,缩小GO图例文字大小

排序


带的边线大小(0则不绘制边线):

logFC颜色(若无logFC列则默认灰色)
高颜色:
中颜色:
低颜色:

term弦颜色(自定义10种,10+种用系统默认颜色)
颜色1:
颜色2:
颜色3:
颜色4:
颜色5:
颜色6:
颜色7:
颜色8:
颜色9:
颜色10:

字体


GO chord图(GO弦图)

简介
可以使用GO analysis或者metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图。参考格式转换页面。调用GOplot R包
输入数据说明
数据包括3部分,第一列是基因,最后一列是logFC(名字不变,仅替换数据即可),即基因的变化倍数,用于排序及基因块颜色(若没有logFC,程序会自动添加,基因色块用灰色)
其余列是GO term,其中1表示该基因在这个GO term中,0表示不在。默认不过滤,即有几个显示几个,20-30个基因,6-8个term效果比较好。最多绘制30个。
注意:
1. 也可以用于具有类似包含关系的其他数据中,例如KEGG Pathway。
2. 若term名太长,可以用inkscape编辑svg输出图片。
3. 若不是正圆,修改图片长度或者高度参数。
4. 若logfc没显示,可以将GO图例文字大小调小以显示。
论文例子
An intersectional analysis of LncRNAs and mRNAs reveals the potential therapeutic targets of Bi Zhong Xiao Decoction in collagen-induced arthritis rats
输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
1500+篇google学术,1000+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Jul 2023), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 10 Jul 2023) for providing data analysis and visualization support.