NCBI orffinder结果可视化
简介
NCBI ORFfinder是最常用的开放阅读框(open reading frame)预测软件。新版相对于旧版信息更加丰富,然后旧版软件的可视化更适合放在文章中。
图中左侧为6个阅读框(+1,+2,+3,-1,-2,-3),其中ORF用颜色块表示,最长ORF用另一种颜色块表示。右侧为相关的数据。用图加表的形式展示,简洁易懂
数据说明
输入数据为NCBI ORFfinder的输出结果,第一行是说明,其余行是每个ORF的相关信息。第一列是ORF的编号,第二列是方向;第三列是读码框编号;第4、5列为ORF的位置;最后一列是长度(核苷酸和蛋白质)。
论文例子
In-Silico Design of a Potent siRNA Molecule for Gene Silencing in Zaire Ebolavirus. Fig2
如何引用?
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google学术,3500+篇
知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.