用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

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条目排序 注意:p值是-log10转化的,故顺序自己确定下





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多分类GO,Pathway富集结果气泡图


简介:
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示,类别以不同的点形状表示。如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
数据包括5列,第一列是分类(例如BP,CC,MF等),第二列是富集的名字(Y轴显示内容),第三列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第四列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化,此列必需是原始p值,即必需小于1),第五列是基因数(气泡大小)
生物医学常见应用:
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子:Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4

输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
3000+篇google学术,2400+篇知网学术引用
推荐直接写网址
Cite: Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 Feb 2024), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 20 Feb 2024) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号