代谢组火山图(带vip)
简介
代谢组结果中常用的火山图,用不同的颜色表示上调,下调和不显著。与常规火山图不同之处在于,添加了一个VIP(Variable Importance Projection)维度。VIP是一种统计度量,用于评估在偏最小二乘回归(Partial Least Squares, PLS)或正交偏最小二乘回归(Orthogonal Projections to Latent Structures, OPLS)等多变量分析方法中,每个变量(例如,代谢物)对于模型的解释能力和重要性的贡献。调用ggplot2 R包
数据说明
输入数据为4列,第一列是名字(唯一),第二列是log2FC(有正有负),第三列是p值(或者FDR),第四列是VIP值。
论文例子
如何引用?
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.