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物种累积曲线

简介
物种累积曲线（Species accumulation curves，SAC），用于估计特定区域中的物种数量。物种累积曲线反映的是抽样个数对物种多样性的影响，当抽样个数较少时，发现的物种并不全面，并不能表征整个群落结构；随着抽样个数的上升，发现的物种种类数越来越多，也更能表征这个群落结构。这里的“抽样”，既可以指物种个体数量，也可以指观测的样方数量。
数据说明
矩阵形式。每一行代表了一个样本，不同样本采样的地点不同，每一列是1个物种的丰度。最终的物种累计曲线中，横坐标是样本个数，纵坐标是发现的物种个数，随着样本个数的增加，发现的物种个数也不断增加；其实，物种累计曲线反应的就是抽样个数对物种多样性的影响；可以看到，当抽样个数较少时，发现的物种并不全面，并不能表征整个群落结构，随着抽样个数的上升，发现的物种数越来越多，也更能表征这个群落结构；在实际分析中，什么样的情况表明我们的采样量足够了呢，主要看曲线的末端，如果曲线末端部分还呈现 急剧上升的趋势，表明抽样量不足；增加样本量，还能继续发现新的物种；当曲线末端上升趋势趋于平缓时，则表明采样量足够，
论文例子
Strongyloides stercoralis infection induces gut dysbiosis in chronic kidney disease patients. Fig 1
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正式引用：Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节：Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节：We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.