用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  单细胞火山图绘制教程
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待标注基因(4列:总表中的某几行,不带header。留空则默认标注top10)


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p阈值(可使用科学计数法,例如1e-50):
avg_log2fc阈值(控制矩形高度):

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scRNA-seq火山图

简介
与传统的两组比较火山图不同,scRNA-seq火山图是多个cluster(vs 其他cluster)的比较。本图利用jitter方式在一张图上展示多个cluster的差异基因。X轴是不同的cluster(细胞簇),Y轴是avg_log2FC。也可以用于多个比较的bulk RNA-seq
数据说明
输入数据有4列:第1列是基因名;第2列是avg_log2FC;第3列是p/FDR值;第4列是cluster(细胞簇名)。默认标注每个cluster的avg_log2FC top10基因,或者待标注基因里有数据时,标注所指定的基因。
论文例子
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
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输出

如何引用?

建议直接写网址。3600+篇google学术,2800+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.