用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel调整数据(wps不行),然后拷贝粘贴到输入框
3,修改文字字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,更多干货,请右下扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,推荐edge或chrome!
2,没有预览就是作图失败,请检查输入数据格式!
3,智能客服  人工客服  基因名转换  在线svg编辑器  FC,P转换  常用配色  影响因子查询

必需输入
绘图数据:


输出格式
png(原生图,较慢)
png2(基因等重新调整的图,较快)
此图需要下载kegg xml文件,约15s 出图

pathview渲染kegg pathway map


简介 使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据,在相关基因对应的框上加上不同的颜色,整合KEGG和表达(或者其他数值)等信息。
数据说明
第1行第1列为KEGG ID(一般Pathway分析后都有这个id,没有的话去kegg网站查),第1行第2列为Fold change(这个作为标识,可以随便写,只要没有特殊符号就行)。从第二行开始为基因及基因对应的fold change(fold change没有的话,就用任意数字代替即可,正值在结果图中显示红色,负值在结果图中显示绿色)
注意1:基因必需是geneid,数字形式。没有的话,用在线转换网站转下;
注意2:fold change列仅是例子,你可以用任意具有量概念的值表示,例如表达量等都行,反正就是上个色
注意3:仅支持常规物种,human,mouse,rat
注意4:不出图的话,请使用pathview官方在线工具,更多选项和功能
生物医学常见应用举例
将表达或者其他信息(例如倍数变化),整合到KEGG pathway map中,以直观地查看。例子:Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.
输入
hsa00510	fold change
56052	-4.409268726
2530	-3.644698478
11320	-4.093467216
6480	-2.072146971
2683	-3.917641795
79796	-4.528640077
29929	-4.241962182
79868	-5.828763579
4124	5.182839261
7841	2.488494443
8818	3.597221268
84920	2.896742658
84620	4.367161356
4249	2.597164048
8703	4.904758641
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
640+篇google学术,490+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 30 July 2022), a free online platform for data analysis and visualization.

4)交流群/公众号