pathview渲染kegg pathway map

简介 使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据，在相关基因对应的框上加上不同的颜色，整合KEGG和表达（或者其他数值）等信息。
数据说明
第1行第1列为KEGG ID（一般Pathway分析后都有这个id，没有的话去kegg网站查），第1行第2列为Fold change（这个作为标识，可以随便写，只要没有特殊符号就行）。从第二行开始为基因及基因对应的fold change（fold change没有的话，就用任意数字代替即可，正值在结果图中显示红色，负值在结果图中显示绿色）
注意1：基因必需是geneid，数字形式。没有的话，用在线转换网站转下；
注意2：fold change列仅是例子，你可以用任意具有量概念的值表示，例如表达量等都行，反正就是上个色
注意3：仅支持常规物种，human,mouse,rat
注意4：不出图的话，请使用pathview官方在线工具，更多选项和功能
论文例子
将表达或者其他信息（例如倍数变化），整合到KEGG pathway map中，以直观地查看。例Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.

输入	hsa00510 fold change 56052 -4.409268726 2530 -3.644698478 11320 -4.093467216 6480 -2.072146971 2683 -3.917641795 79796 -4.528640077 29929 -4.241962182 79868 -5.828763579 4124 5.182839261 7841 2.488494443 8818 3.597221268 84920 2.896742658 84620 4.367161356 4249 2.597164048 8703 4.904758641
输出

如何引用？

建议直接写网址。3600+篇google学术，2800+篇知网学术
正式引用：Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节：Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节：We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.