用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  pathway加颜色视频教程   文字教程
1,仅支持human/mouse/rat
2,基因名必需是entrez geneid,纯数字

输出格式



需要联网下载kegg xml文件,约15s 出图

调试中,勿用!!

pathview渲染kegg pathway map

简介 使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据,在相关基因对应的框上加上不同的颜色,整合KEGG和表达(或者其他数值)等信息。
数据说明
第1行第1列为KEGG ID(一般Pathway分析后都有这个id,没有的话去kegg网站查),第1行第2列为Fold change(这个作为标识,可以随便写,只要没有特殊符号就行)。从第二行开始为基因及基因对应的fold change(fold change没有的话,就用任意数字代替即可,正值在结果图中显示红色,负值在结果图中显示绿色)
注意1:基因必需是geneid,数字形式。没有的话,用在线转换网站转下;
注意2:fold change列仅是例子,你可以用任意具有量概念的值表示,例如表达量等都行,反正就是上个色
注意3:仅支持常规物种,human,mouse,rat
注意4:不出图的话,请使用pathview官方在线工具,更多选项和功能
论文例子
将表达或者其他信息(例如倍数变化),整合到KEGG pathway map中,以直观地查看。例Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4200+篇google学术,3500+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.