用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据。使用视频教程
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

人工客服  基因名转换  FC,P转换  常用配色  影响因子 新需求及bug提交  pdf转图片
必需输入  pathway加颜色视频教程   文字教程
1,仅支持human/mouse/rat
2,基因名必需是entrez geneid,纯数字

输出格式



需要联网下载kegg xml文件,约15s 出图

pathview渲染kegg pathway map

简介 使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据,在相关基因对应的框上加上不同的颜色,整合KEGG和表达(或者其他数值)等信息。
数据说明
第1行第1列为KEGG ID(一般Pathway分析后都有这个id,没有的话去kegg网站查),第1行第2列为Fold change(这个作为标识,可以随便写,只要没有特殊符号就行)。从第二行开始为基因及基因对应的fold change(fold change没有的话,就用任意数字代替即可,正值在结果图中显示红色,负值在结果图中显示绿色)
注意1:基因必需是geneid,数字形式。没有的话,用在线转换网站转下;
注意2:fold change列仅是例子,你可以用任意具有量概念的值表示,例如表达量等都行,反正就是上个色
注意3:仅支持常规物种,human,mouse,rat
注意4:不出图的话,请使用pathview官方在线工具,更多选项和功能
论文例子
将表达或者其他信息(例如倍数变化),整合到KEGG pathway map中,以直观地查看。例Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.
输入
hsa00510	fold change
56052	-4.409268726
2530	-3.644698478
11320	-4.093467216
6480	-2.072146971
2683	-3.917641795
79796	-4.528640077
29929	-4.241962182
79868	-5.828763579
4124	5.182839261
7841	2.488494443
8818	3.597221268
84920	2.896742658
84620	4.367161356
4249	2.597164048
8703	4.904758641
输出

1)如何作图?
1,数据放在excel里边,2,根据示例的行或者列,调整为示例样式;3,将调整后的数据拷贝粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
1,输入检查工具初步检查输入,根据提示修正;2,观看输入框上面的B站视频介绍;3,并仔细阅读右侧说明,示例数据;4,提交人工客服处理
3)如何引用?
建议直接写网址。3400+篇google学术,2700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 May 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号