用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  热图+趋势+注释3合1图绘制视频教程
注:内存消耗非常大,建议1w以下基因,默认去掉值完全一样的行
数据较少(拷贝、粘贴数据到输入框)

数据较多(上传tab分割的txt文件,文件名用英文)

可选输入
每个cluster的注释(第一列必须是C+number)
1)首次绘图先留空,运行一遍
2)根据首次运行结果中的elbow图的拐点确定cluster数目后,再运行一遍
3)对每个cluster里边的基因进行注释后,填写本输入框,重新运行一遍)

热图+趋势组合图图片大小(其他输出图片默认大小)
图片宽度:
图片高度:

热图颜色
heatmap color 1:
heatmap color 2:
heatmap color 3:

cluster
cluster数目
先默认8做一遍,看elbow图拐点确定cluster数后,再重新做一遍即可:
行cluster颜色,自定义10种,超过10种用系统默认颜色
行cluster颜色1-2:
行cluster颜色3-4:
行cluster颜色5-6:
行cluster颜色7-8:
行cluster颜色9-10:

样品
样品名旋转角度:
列样品颜色,自定义10种,超过10种用系统默认颜色
列样品颜色1-2:
列样品颜色3-4:
列样品颜色5-6:
列样品颜色7-8:
列样品颜色9-10:

方法


趋势图形


聚类树


字体


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时间趋势转录组热图+趋势图+GO,Pathway功能注释

简介
使用mfuzz或者kmeans算法将时间序列转录组数据分成不同的cluster,然后根据每个cluster的基因进行GO和Pathway等分析,获得每个cluster的注释信息(不能太多,挑选topN),然后绘制热图+每个cluster的线图(或者box图)+功能注释。调用ClusterGVis包
数据说明
输入数据为矩阵形式,第一列是基因名(唯一),第2+列是表达值(一般为标准化的fpkm,tpm等)。若有输入每个cluster的注释信息,则输出包括注释信息。第一列必须是C1,C2等。输出包括:1)elbow图,可以根据拐点确定合适的cluster数目;2)线图+热图+功能注释组合图,或者box+热图+功能注释组合图;3)每个基因所在的cluster列表
论文例子
Functional Genome Analyses Reveal the Molecular Basis of Oil Accumulation in Developing Seeds of Castor Beans. fig 1b
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4200+篇google学术,3500+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.