GO,Pathway富集结果气泡图
简介
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具
metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图。调用ggplot2 R包
数据说明:
1)输入数据为4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
2)输入数据为5列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小),第5列为可选列,为分类信息,例如BP,CC,MF等。若数据包含第5列,则根据第5列进行分面绘图:即同组的绘制在一起(字母顺序)
注意:1,输入可以是4列或5列。有第5列则出分面图。
2,generatio没有的话,可以用fold enrichment等有意义的值代替
3,p列不能为0或者负,若无颜色,使用
p值转化,将log(p)转成p后,重新画图
4,若无点,请调大图片宽度
论文例子
Honghua extract mediated potent inhibition of COVID-19 host cell pathways
论文写作
Dot plot of the KEGG pathway enrichment analysis. The horizontal axis represents the gene ratio, while the vertical axis represents the enriched pathway name. The color
scale indicates different thresholds of the p-value, and the size of the dot indicates the number of genes corresponding to each pathway.
1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
1500+篇google学术,1000+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Jul 2023), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 10 Jul 2023) for providing data analysis and visualization support.