用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel存储并调整数据(wps不行),然后粘贴到输入框
3,修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,更多干货,请右下扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,推荐edge或chrome!
2,分析、作图失败,请对照示例检查输入数据格式!
3,智能客服  人工客服  基因名转换  svg编辑器  FC,P转换  常用配色  影响因子  输入检查
新需求及bug提交
必需输入
绘图数据(p列不能为0或者负)


可选输入
图像大小
图片宽度(出图,但是没看见点,调大宽度):
图片高度:

文字大小
标题文字:
图例标题文字:
轴文字:
轴说明:

文字说明
图标题:
X轴说明:
Y轴说明:
点大小说明:
colorbar说明:
若颜色选择-log10转化,则标注为-log10(pvalue)。-log10及括号为后台自动添加
若颜色选择不转化,则标注为pvalue

颜色

-log10(pvalue)值小/pvalue值大的颜色:
-log10(pvalue)值大/pvalue值小的颜色:


p值小的颜色:
p值大的颜色:

点尺寸(控制点的大小范围)
点最小值:
点最大值:

条目排序





字体


GO、KEGG富集气泡图升级版

GO,Pathway富集结果气泡图

简介
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
1)输入数据为4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
2)输入数据为5列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小),第5列为可选列,为分类信息,例如BP,CC,MF等。若数据包含第5列,则根据第5列进行分面绘图:即同组的绘制在一起(字母顺序)
注意:1,输入可以是4列或5列。有第5列则出分面图。
2,generatio没有的话,可以用fold enrichment等有意义的值代替
3,p列不能为0或者负,若无颜色,使用p值转化,将log(p)转成p后,重新画图
4,若无点,请调大图片宽度
论文例子
Honghua extract mediated potent inhibition of COVID-19 host cell pathways

输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
900+篇google学术,800+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 07 Jan 2023), an online platform for data analysis and visualization.

4)交流群/公众号