用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

人工客服  基因名转换  FC,P转换  常用配色  影响因子 新需求及bug提交  pdf转图片

必需输入  聚类热图视频教程   文字教程
请勿上传超过5000行的矩阵
数据较少(直接拷贝数据并粘贴到输入框):

数据较多(上传tab分割的txt文件,文件名用英文)


可选输入:
图片大小
图片宽度:;图片高度:

字体大小
行(基因名)字体大小:
列(样品名)字体大小:

颜色
低颜色: ;中间颜色: ;高颜色:
颜色个数(越大越平滑):

scale方向(z-score转化,两个样品时不要scale


要显示的名字


聚类方向


聚类方法



距离方法



回调函数 注:新版与标注某几个基因模块一致


显示网格线(默认不显示;显示的话,默认灰色)


是否去除表达值完全一样的行(默认去除)


是否显示数值(默认2位小数)


colorbar颜色范围(不填则默认)
从小到大写,英文逗号分隔,例如-2,-1,0,1,2


字体


聚类图,热图

简介
利用颜色表示表达值(原始或标准化),并使用距离矩阵进行聚类。调用pheatmap R包
数据说明
第一行为group名字,第二行为样品名字,其余为数据(其中第一列是基因名)
注意:1,若基因有重名的,取均值;样品也不能有重名的。2,制表符分隔,可以在excel中做转化(例如log2等,这里默认数据已经处理好),然后贴过来。
变种:若数据仅0,1,那么可以选择前后两种颜色展示(例如黑白),若数据仅三种(例如-1,0,1),则可以选3种颜色展示。
论文例子
Integrated network analysis to explore the key genes regulated by parathyroid hormone receptor 1 in osteosarcoma Fig 1.
输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,数据放在excel里边,2,根据示例的行或者列,调整为示例样式;3,将调整后的数据拷贝粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
1,输入检查工具初步检查输入,根据提示修正;2,观看输入框上面的B站视频介绍;3,并仔细阅读右侧说明,示例数据;4,提交人工客服处理
3)如何引用?
建议直接写网址。3400+篇google学术,2700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 May 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号