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曼哈顿图

简介
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP。图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。基因位点的Pvalue越小即-log10(Pvalue)越大,其与表型性状或疾病等关联程度越强。而且通常来说受到连锁不平衡的影响,强关联位点周围的SNP也会显示出相对较高的信号强度,并依次向两边递减,所以会出现上图中红色部分的现象。一般,在GWAS的研究中,Pvalue的阈值在10^-6 或者10^-8以下。参考:https://www.jianshu.com/p/1edc44fe922f
数据说明
第一列是SNP名字,第二列是染色体(不带chr);第三列是位置;第四列为p值。调用R包:CMplot
论文例子
Genome wide association studies for yield and its component traits under terminal heat stress in Indian mustard (Brassica juncea L.) Fig3
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.