曼哈顿图
简介
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP。图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。基因位点的Pvalue越小即-log10(Pvalue)越大,其与表型性状或疾病等关联程度越强。而且通常来说受到连锁不平衡的影响,强关联位点周围的SNP也会显示出相对较高的信号强度,并依次向两边递减,所以会出现上图中红色部分的现象。一般,在GWAS的研究中,Pvalue的阈值在10^-6 或者10^-8以下。参考:https://www.jianshu.com/p/1edc44fe922f
数据说明:
第一列是SNP名字,第二列是染色体(不带chr);第三列是位置;第四列为p值。调用R包:CMplot
生物医学常见应用举例:
参考:
Genome wide association studies for yield and its component traits under terminal heat stress in Indian mustard (Brassica juncea L.) Fig3
1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据
3)如何引用?
1100+篇google学术,860+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 Feb 2023), an online platform for data analysis and visualization.
4)交流群/公众号