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必需输入
输入miRNA(fa格式):



输入mRNA 3'UTR(fa格式)


可选输入:
score(比对阈值,正值,越大越严格)
energy(能量阈值,负值,越小越严格):

注意:1,miranda程序默认 score=140, energy=1,本站将energy默认改成了-1,要求更严格些
注意:2,结果中互补配对的图可以贴到word里边查看及美化
miranda在线预测miRNA靶基因推文

miRanda在线预测miRNA靶基因

简介
miRanda是一种检测基因组序列中miRNA潜在靶位点的算法。当前版本:v3.3a
miRanda is an algorithm for the detection of potential microRNA target sites in genomic sequences
两步策略:1,在查询的miRNA序列和mRNA 3'UTR序列间进行动态规划局部比对。这一比对过程基于序列互补(而不是序列一致性)打分;2,基于第一步获得的高分比对结果(sc参数控制),使用RNAlib(来自ViennaRNA包)评估比对的热力学稳定性。最终能量小于阈值(en参数控制)的结果作为最终结果。
源码见官网!
数据说明:
1,fasta格式的miRNA序列
2,fasta格式的mRNA 3'UTR序列,或者fasta格式的lncRNA序列,circRNA序列等目标序列
参考文献
A.J. Enright, B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander, D.S. Marks; (2003) MicroRNA targets in Drosophila; Genome Biology 5(1):R1.
输入miRNA序列
>hsa-miR-27b
UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
输入mRNA 3'UTR序列
>Bcl3
GACGGATGGGGGGGCAGACCCGGACTCATGAGGAGGGGCCTCCCTGCCCTGT
GGGGACCACTCTTCTGGAAACTGTGAGGACCTTGTTCTGCTTCCCCCCGCCC
AATCCTCGGGACCAGGTTTTGCACCAAGGCACATGCACATACTACTGAGCACA
GATCCTCCCAATCGCGCCCCTTGCCCAGGACTCTCAGCCCCCACTTAATCTCA
GGCACCCAGGTTCCCTGTCTGGAATCCACCAGATACTCAATTCTTTGAGTGGA
GGAACCAAAGGACAGCCAGCCTCTCCTCTGCCACCCTCCACCCTGAGGGACCC
AGAGAAACAGAGGGGTCTGGGAGGGCATTGATCACAGTGTAAATTATTAGGTT
TGGGTCAGATTTCTTTTGTAATAAACTATTTTTGTATCAT
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
500+篇google学术,350+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn, a free online platform for data analysis and visualization.

4)其他常见问题