用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

人工客服  基因名转换  FC,P转换  常用配色  影响因子 新需求及bug提交  pdf转图片

注意:比较耗资源,请勿大量提交
必需输入  miRanda预测miRNA靶基因视频教程   文字教程
输入miRNA(fasta格式):



输入mRNA 3'UTR(fasta格式)


可选输入:
score(比对阈值,正值,越大越严格)
energy(能量阈值,负值,越小越严格):

注意:1,miranda程序默认 score=140, energy=1,本站将energy默认改成了-1,要求更严格些
注意:2,结果中互补配对的图可以贴到word里边查看及美化

miRanda在线预测miRNA靶基因

简介
miRanda是一种检测基因组序列中miRNA潜在靶位点的算法。当前版本:v3.3a
miRanda is an algorithm for the detection of potential microRNA target sites in genomic sequences
两步策略:1,在查询的miRNA序列和mRNA 3'UTR序列间进行动态规划局部比对。这一比对过程基于序列互补(而不是序列一致性)打分;2,基于第一步获得的高分比对结果(sc参数控制),使用RNAlib(来自ViennaRNA包)评估比对的热力学稳定性。最终能量小于阈值(en参数控制)的结果作为最终结果。
源码见官网!
数据说明
1,fasta格式的miRNA序列
2,fasta格式的mRNA 3'UTR序列,或者fasta格式的lncRNA序列,circRNA序列等目标序列
结果文件中:'|'表示完全匹配,':'表示G:U配对,' '表示错配。
参考文献
A.J. Enright, B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander, D.S. Marks; (2003) MicroRNA targets in Drosophila; Genome Biology 5(1):R1.
输入miRNA序列
>hsa-miR-27b
UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
输入mRNA 3'UTR序列
>Bcl3
GACGGATGGGGGGGCAGACCCGGACTCATGAGGAGGGGCCTCCCTGCCCTGT
GGGGACCACTCTTCTGGAAACTGTGAGGACCTTGTTCTGCTTCCCCCCGCCC
AATCCTCGGGACCAGGTTTTGCACCAAGGCACATGCACATACTACTGAGCACA
GATCCTCCCAATCGCGCCCCTTGCCCAGGACTCTCAGCCCCCACTTAATCTCA
GGCACCCAGGTTCCCTGTCTGGAATCCACCAGATACTCAATTCTTTGAGTGGA
GGAACCAAAGGACAGCCAGCCTCTCCTCTGCCACCCTCCACCCTGAGGGACCC
AGAGAAACAGAGGGGTCTGGGAGGGCATTGATCACAGTGTAAATTATTAGGTT
TGGGTCAGATTTCTTTTGTAATAAACTATTTTTGTATCAT
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
3000+篇google学术,2400+篇知网学术引用
推荐直接写网址
Cite: Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 Feb 2024), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 20 Feb 2024) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号