用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel存储并调整数据(wps不行),然后粘贴到输入框
3,修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,更多干货,请右下扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,推荐edge或chrome!
2,分析、作图失败,请对照示例检查输入数据格式!
3,智能客服  人工客服  基因名转换  svg编辑器  FC,P转换  常用配色  影响因子  输入检查

注意:比较耗资源,请勿大量提交
必需输入
输入miRNA(fasta格式):



输入mRNA 3'UTR(fasta格式)


可选输入:
score(比对阈值,正值,越大越严格)
energy(能量阈值,负值,越小越严格):

注意:1,miranda程序默认 score=140, energy=1,本站将energy默认改成了-1,要求更严格些
注意:2,结果中互补配对的图可以贴到word里边查看及美化
miranda在线预测miRNA靶基因推文

miRanda在线预测miRNA靶基因

简介
miRanda是一种检测基因组序列中miRNA潜在靶位点的算法。当前版本:v3.3a
miRanda is an algorithm for the detection of potential microRNA target sites in genomic sequences
两步策略:1,在查询的miRNA序列和mRNA 3'UTR序列间进行动态规划局部比对。这一比对过程基于序列互补(而不是序列一致性)打分;2,基于第一步获得的高分比对结果(sc参数控制),使用RNAlib(来自ViennaRNA包)评估比对的热力学稳定性。最终能量小于阈值(en参数控制)的结果作为最终结果。
源码见官网!
数据说明:
1,fasta格式的miRNA序列
2,fasta格式的mRNA 3'UTR序列,或者fasta格式的lncRNA序列,circRNA序列等目标序列
参考文献
A.J. Enright, B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander, D.S. Marks; (2003) MicroRNA targets in Drosophila; Genome Biology 5(1):R1.
输入miRNA序列
>hsa-miR-27b
UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
输入mRNA 3'UTR序列
>Bcl3
GACGGATGGGGGGGCAGACCCGGACTCATGAGGAGGGGCCTCCCTGCCCTGT
GGGGACCACTCTTCTGGAAACTGTGAGGACCTTGTTCTGCTTCCCCCCGCCC
AATCCTCGGGACCAGGTTTTGCACCAAGGCACATGCACATACTACTGAGCACA
GATCCTCCCAATCGCGCCCCTTGCCCAGGACTCTCAGCCCCCACTTAATCTCA
GGCACCCAGGTTCCCTGTCTGGAATCCACCAGATACTCAATTCTTTGAGTGGA
GGAACCAAAGGACAGCCAGCCTCTCCTCTGCCACCCTCCACCCTGAGGGACCC
AGAGAAACAGAGGGGTCTGGGAGGGCATTGATCACAGTGTAAATTATTAGGTT
TGGGTCAGATTTCTTTTGTAATAAACTATTTTTGTATCAT
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
800+篇google学术,700+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 31 Oct 2022), an online platform for data analysis and visualization.

4)交流群/公众号