TCGA泛癌基因表达与肿瘤突变负荷(TMB)相关性雷达图
简介
肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden,TMB)是指肿瘤细胞中发生的基因突变数量的总和。这些突变可以是单个核苷酸的改变、基因缺失或插入等。TMB通常用基因组测序技术来评估。通过分析肿瘤组织中的DNA序列,可以确定其中的突变数目,并进一步计算出TMB的值。一般来说,TMB值越高,意味着肿瘤细胞中的突变数量越多。高TMB的肿瘤通常会产生更多的新抗原,使免疫系统更容易识别和攻击肿瘤细胞。因此,高TMB的肿瘤可能更容易对免疫治疗产生积极的反应。某基因在TCGA数据库的33种癌症(泛癌)中的TPM表达值与样品肿瘤突变负荷(Tumor mutation burden)间的相关性雷达图。
数据说明
输入蛋白编码基因名(symbol)即可查询,例如KLF7。输出为极坐标雷达图,表示相关系数
论文例子
引用请使用:Liao C, Wang X. TCGAplot: an R package for integrative pan-cancer analysis and visualization of TCGA multi-omics data. BMC Bioinformatics. 2023 Dec 17;24(1):483. doi: 10.1186/s12859-023-05615-3. PMID: 38105215; PMCID: PMC10726608.
注:经与作者沟通,在线版免费开放使用,数据和代码均来自TCGAplot包,本站仅对样式略有调整。数据相关问题可联系本站管理员或者到王老师
Github留言讨论。
输入
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KLF7
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输出 |
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如何引用?
建议直接写网址。3600+篇
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 June 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.