用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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上传clusterprofiler GSEA结果rds文件(文件名用英文)

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纳入绘图的基因集数
1)若excel中的基因集数小于该值,则默认纳入excel中全部基因集
2)若excel中的基因集数大于该值,则纳入excel中topN的基因集



NES颜色
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Pvalue颜色
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-log10(pvalue)阈值:

椭圆


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clusterprofiler GSEA结果网络图

简介
输入clusterProfiler包的GSEA结果,根据不同基因集间的相似性,将N个基因集聚类成几个基因集,并用网络图呈现。调用aPEAR包。
数据说明
输入数据为clusterprofiler输出的rda(R对象)文件,可使用clusterprofiler GSEA进行分析后获得rds文件。输出为聚类网络图,和纳入的基因集所属的cluster。
论文例子
aPEAR: an R package for autonomous visualisation of pathway enrichment networks
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4600+篇google学术,3900+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.