用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  GSEA视频教程   文字教程
注1:输入基因不能太少,否则不出结果
注2:按照log2FC从大到小排序
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待分析基因集中基因个数阈值
最小基因数(若基因集中基因数小于该数值,则不参与分析):
最大基因数(若基因集中基因数大于该数值,则不参与分析):

颜色(默认最多绘制10个基因集)
颜色1-2:
颜色3-4:
颜色5-6:
颜色7-8:
颜色9-10:

数据库,基因集名,基因集中包含的基因集个数
基因集个数越多,运行越慢,20240817更新





























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自定义基因集(此框内有数据则默认自定义)
(例如铜死亡,铁死亡,细胞焦亡等),支持任意物种
(每行一个基因集,格式为见示例:名字,来源,基因1,基因2,...,基因N):


待绘图基因集名字(根据第一遍运行结果填此框)
每行一个基因集名字,名字来自输出结果的第一列
留空则默认最多绘制3条。仅支持最多绘制10条


P值表格(图中显示的数值精度不够,建议对照结果表格后期P下)


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基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)

简介
使用clusterprofiler R包进行基因集富集分析,输入为所有基因及log2FC,按照log2FC从大到小排列。内置了来自GSEA官网的基因集,以及自制的KEGG基因集。
数据说明
输入数据包括2列。第1列是基因symbol(例如人的是约20000个基因),大小写敏感;第2列是log2FC,从大到小排列(不排列的话,结果略有差异)。
自定义基因集框中有数据则自动切换自定义模式。例如铜死亡,铁死亡等(见示例),制表符分割。
第一列是基因集名字(不要使用特殊符号),第二列是基因集来源(网址或者其他说明文字),第三列及以后为基因(必需在所有输入的基因中)。
论文例子
High expression of cuproptosis-related SLC31A1 gene in relation to unfavorable outcome and deregulated immune cell infiltration in breast cancer: an analysis based on public databases. fig6e
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4800+篇google学术,3900+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.