常见fasta序列文件处理

FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须具有唯一性。 从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。文件每行的字母一般不应超过80个字符。可以仅包含一条序列，也可以包含多条序列。
本程序调用seqkit软件处理，参考：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/

输入

>ENSMUSG00000020122 CCCTCCTATCATGCTGTCAGTGTATCTCTAAATAGCACTCTCAACCCCCGTGAACTTGGT TATTAAAAACATGCCCAAAGTCTGGGAGCCAGGGCTGCAGGGAAATACCACAGCCTCAGT TCATCAAAACAGTTCATTGCCCAAAATGTTCTCAGCTGCAGCTTTCATGAGGTAACTCCA GGGCCCACCTGTTCTCTGGT >ENSMUSG00000020123 GAGTCAGGTTGAAGCTGCCCTGAACACTACAGAGAAGAGAGGCCTTGGTGTCCTGTTGTC TCCAGAACCCCAATATGTCTTGTGAAGGGCACACAACCCCTCAAAGGGGTGTCACTTCTT CTGATCACTTTTGTTACTGTTTACTAACTGATCCTATGAATCACTGTGTCTTCTCAGAGG CCGTGAACCACGTCTGCAAT

输出

fasta基本统计信息。 根据不同的功能类型，输出不同的结果

常见问题

1，如何作图？

1，准备作图数据；2，用excel打开数据，调整为示例格式；3，将调整后的数据粘贴到输入框；4，选择参数；5，提交出图

2，为什么不出图？

程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括：非制表符分割，数据列数不对，没有带title等

3，导出图片？

默认提供3种类型图片供下载：pdf, svg和png（300 dpi），部分未提供的，请在生成图片上点击鼠标右键，选择另存为（直接是svg格式文件，文件后缀不用改）。推荐使用chrome浏览器

4，编辑图片，以满足杂志需求？

默认Arial字体，8 x 6（或6 x 6）大小（inch）。下载Inkscape软件（最兼容，推荐，inkscape常用技巧），打开另存的svg文件，修改布局，文字等后，导出pdf或其他格式图片

5，如何引用

本站内容未公开发表paper，如需引用，请使用如下格式，或者原生R包：
Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.