注意:输入数据格式(行、列)必需与右侧示例一致,制表符分割
1,数据来自excel,直接拷贝待绘图数据,粘贴到输入数据框即可
2,数据来自txt,各列需要制表符(tab键)分割,直接拷贝数据,粘贴到输入数据框即可
必需输入
绘图数据:


可选输入:
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依次选择低、中、高3颜色(3 colors):    
请选择颜色数:

1)请选择scale方向(z-score转化)
row col none

2)请选择要显示的名字
row col row+col none

3)请选择聚类方向
row col row+col none

4)请选择聚类方法
complete ward ward.D ward.D2 single average mcquitty median centroid
5)选择距离方法
euclidean maximum manhattan canberra binary minkowski
6)是否显示网格线(默认不显示;显示的话,默认灰色)
yes no
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聚类图,热图


简介:
利用颜色表示表达值(原始或标准化),并使用距离矩阵进行聚类。
数据说明:
第一行为group名字,第二行为样品名字,其余为数据(其中第一列是基因名)
注意:1,若基因有重名的,取均值;样品也不能有重名的。2,制表符分隔,可以在excel中做转化(例如log2等,这里默认数据已经处理好),然后贴过来。
变种:若数据仅0,1,那么可以选择前后两种颜色展示(例如黑白),若数据仅三种(例如-1,0,1),则可以选3种颜色展示。
生物医学常见应用:
基因表达聚类图。例子:Integrated network analysis to explore the key genes regulated by parathyroid hormone receptor 1 in osteosarcoma Fig 1.
输入
group	A	A	A	B	B	B
sample	A-1	A-2	A-3	B-1	B-2	B-3
gene1	5.70	11.70	9.90	5.70	4.50	3.20
gene2	9.43	10.67	9.39	3.40	2.50	2.30
gene3	10.59	9.89	8.50	4.20	5.75	2.50
gene4	10.38	10.20	8.50	5.10	2.80	2.40
gene5	5.75	10.85	10.90	3.90	4.20	2.80
gene6	9.82	10.45	8.50	2.50	3.40	3.50
gene7	8.90	11.02	10.33	5.75	2.40	5.75
gene8	10.59	10.67	9.94	6.55	5.75	5.55
gene9	2.50	5.20	3.50	9.21	9.76	11.47
gene10	3.50	4.20	2.50	9.21	11.78	5.75
gene11	4.50	3.20	2.70	9.89	10.72	8.81
gene12	3.50	2.20	1.90	10.85	9.76	9.73
gene13	3.50	4.20	3.50	11.33	9.76	10.49
gene14	5.10	1.20	5.75	11.22	9.76	8.81
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用
  • 本站内容未公开发表paper,如需引用,请使用如下格式,或者原生R包:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.