注意:输入数据格式(行、列)必需与右侧示例一致,制表符分割
1,数据来自excel,直接拷贝待绘图数据,粘贴到输入数据框即可
2,数据来自txt,各列需要制表符(tab键)分割,直接拷贝数据,粘贴到输入数据框即可
必需输入
绘图数据:


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基因文字大小(gene fontsize):
GO图例文字大小(legend fontsize):

选择排序列
gene logFC

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GO chord图(GO弦图)

简介
如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图。参考格式转换页面

数据说明:
数据包括3部分,第一列是基因,最后一列是logFC(名字不变,仅替换数据即可),即基因的变化倍数,用于排序及基因块颜色(若没有logFC,程序会自动添加,基因色块用灰色)
其余列是GO term,其中1表示该基因在这个GO term中,0表示不在。默认不过滤,即有几个显示几个,20-30个基因,6-8个term效果比较好,文字太长的话,用inkscape编辑下
生物医学常见应用举例: 1, Gene Ontology/KEGG等富集结果中,基因是否在某条term中(示例数据)。例子:Molecular and Cellular Response to Experimental Anisakis pegreffii (Nematoda, Anisakidae) Third-Stage Larval Infection in Rats Fig 4, 5
2,其他的类似包含,不包含关系的数据集,需要编辑下文字
输入
gene	GOterm1	GOterm2	GOterm3	GOterm4	GOterm5	logFC
HSD17B12	0	1	0	0	0	2.39
C19ORF40	1	0	0	0	1	2.32
TRAF1	0	0	1	0	0	2.14
ERCC1	0	1	0	1	0	2.88
ITGA3	0	0	1	0	0	3.53
CYCS	1	0	1	0	1	2.24
PRKAR2A	0	1	0	1	1	1.25
XIAP	0	0	1	0	0	1.09
GLUL	1	0	0	1	0	-3.89
POLM	0	0	0	0	1	-3.31
XRCC2	0	0	0	1	0	-2.34
XRCC5	0	1	0	1	0	-2.46
DCLRE1C	0	0	0	0	0	-1.48
POLH	1	0	1	1	0	-1.27
MRE11A	0	0	0	1	0	-1.21
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用
  • 本站内容未公开发表paper,如需引用,请使用如下格式,或者原生R包:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.