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TCGA泛癌基因表达与肿瘤突变负荷(TMB)相关性雷达图

简介
肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden,TMB)是指肿瘤细胞中发生的基因突变数量的总和。这些突变可以是单个核苷酸的改变、基因缺失或插入等。TMB通常用基因组测序技术来评估。通过分析肿瘤组织中的DNA序列,可以确定其中的突变数目,并进一步计算出TMB的值。一般来说,TMB值越高,意味着肿瘤细胞中的突变数量越多。高TMB的肿瘤通常会产生更多的新抗原,使免疫系统更容易识别和攻击肿瘤细胞。因此,高TMB的肿瘤可能更容易对免疫治疗产生积极的反应。某基因在TCGA数据库的33种癌症(泛癌)中的TPM表达值与样品肿瘤突变负荷(Tumor mutation burden)间的相关性雷达图。
数据说明
输入蛋白编码基因名(symbol)即可查询,例如KLF7。输出为极坐标雷达图,表示相关系数
论文例子
引用请使用:Liao C, Wang X. TCGAplot: an R package for integrative pan-cancer analysis and visualization of TCGA multi-omics data. BMC Bioinformatics. 2023 Dec 17;24(1):483. doi: 10.1186/s12859-023-05615-3. PMID: 38105215; PMCID: PMC10726608.
注:经与作者沟通,在线版免费开放使用,数据和代码均来自TCGAplot包,本站仅对样式略有调整。数据相关问题可联系本站管理员或者到王老师Github留言讨论。
输入 KLF7
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
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3)如何引用?
3000+篇google学术,2400+篇知网学术引用
推荐直接写网址
Cite: Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 Feb 2024), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 20 Feb 2024) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号