在线绘制不带着丝粒的简单基因组位点染色体分布图
简介
该图一般用来表示peak,SNP,基因等在染色体上的全局分布。以圆滑的弧形表示染色体长臂/短臂的两端
数据说明
染色体长度数据包括3列:第一列为染色体名字,第二列为染色体长度,第三列为着丝粒位置(单坐标代替)
基因组位点数据包括3列(第3列可选):第一列是染色体名字(必需与上述染色体长度数据一致);第二列为位点;第三列为类型(例如up,dn等,可选,最多6种可选颜色)。
生物医学常见应用
例子:
染色体长度输入 |
2A 780798557 326000000
3A 750843639 316000000
7B 750620385 288000000
4A 744588157 264000000
7A 736706236 360000000
6B 720988478 323000000
5B 713149757 198000000
5A 709773743 108000000
1B 689851870 237000000
4B 673617499 303000000
2D 651852609 264000000
7D 638686055 336000000
6A 618079260 283000000
3D 615552423 237000000
1A 594102056 210000000
5D 566080677 185000000
4D 509857067 182000000
1D 495453186 166000000
6D 473592718 211000000
|
基因组位点输入 |
chrom pos type
2A 50602155 A
2A 58861277 A
3A 178099541 A
3A 77794217 B
4D 20732565 B
4D 11935999 B |
输出 |
|
常见问题
1,如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2,为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
3,导出图片?
默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用
chrome浏览器
4,编辑图片,以满足杂志需求?
默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载
Inkscape软件(最兼容,推荐,
inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
5,如何引用
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Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.