代谢组通路影响气泡图
简介
通路影响(Pathway Impact)是代谢组学数据分析中一个重要的生物信息学指标。它用于评估和量化特定代谢通路在给定实验条件下(如疾病状态、药物处理、环境胁迫等)所受到的全局性扰动或影响程度。
它不仅仅统计某个通路中有多少代谢物发生了显著变化,而是结合了这些代谢物在通路拓扑结构中的位置,来评估整个通路功能被“冲击”的严重性。
X轴:Pathway Impact 值,范围通常在0到1之间,代表影响的强度。Y轴:-log10(p-value),代表该通路富集到差异代谢物的统计显著性。
点大小:代表Pathway impact值,点越大表示pathway impact值越大。点颜色:显著性,越红越显著。
位于图右上角的通路(即高Impact值和高显著性)是最值得关注的,它们很可能是导致表型变化的关键生物学过程。
数据说明
输入为3列:第1列是pathway的名字;第2列是pathway的p值;第3列是pathway impact值。
论文例子
Comprehensive characterization of metabolic consumption and production by the human brain. fig2e
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.