注意:输入数据格式(行、列)必需与右侧示例一致,制表符分割
1,数据来自excel,直接拷贝待绘图数据,粘贴到输入数据框即可
2,数据来自txt,各列需要制表符(tab键)分割,直接拷贝数据,粘贴到输入数据框即可
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带轴 不带轴

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显示 不显示

是否显示motif
显示 不显示

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lollipop mutation diagram


简介
使用UniProt和Pfam API自动翻译Gene Symbols,寻找domain/motif特征,并添加突变信息(若有)。目前仅支持点突变。
数据说明
完整数据包括5列,第一列是基因名(必需是HGNC数据库中的名字,整列是一样的,例如TP53)或UniProt ID(例如P04637);第二列是突变的位置(整数);第三列是ref氨基酸(单字母);第四列是突变氨基酸(单字母,可没有?);第五列是点大小(整数,数值越大,点越大)。实际数据可以仅包含第一列;仅包含第1,2,3,4列;或者全部5列。使用系统默认颜色
生物医学常见应用举例
蛋白质突变位点绘制。参考:Lollipops in the Clinic: Information Dense Mutation Plots for Precision Medicine Fig 1.
输入
gene	pos	ref	mutation	size
TP53	125	T		5
TP53	175	R	H	5
TP53	248	R	Q	50
TP53	273	R	C	50
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用
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    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.