用前必读
1，使用excel存储并调整数据，不要有空的单元格
2，先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入，通过后再作图
3，表头请勿使用#，<，>，%，(，)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4，出图后用inkscape或acrobat illustrator修改pdf文字、字体，图例，处理截断
5，生信项目合作，提交bug、发文引用换积分，请加管理员微信（页面右下）

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必需输入  KEGG通路图渲染

可选输入
基因colorbar颜色
基因低颜色：
基因中颜色：
基因高颜色：

基因colorbar数值范围
注：若都留空，则默认[-最大绝对值，最大绝对值]，取整
基因colorbar最小值（默认取整）：
基因colorbar最大值（默认取整）：

化合物/药物colorbar颜色
化合物/药物低颜色：
化合物/药物中颜色：
化合物/药物高颜色：

化合物/药物colorbar数值范围
注：若都留空，则默认[-最大绝对值，最大绝对值]，取整
化合物/药物colorbar最小值（默认取整）：
化合物/药物colorbar最大值（默认取整）：

Colorbar位置（避免文字重叠）


注：约15s出图

pathview渲染kegg pathway map

简介
使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据，在相关基因或者化合物对应的框上加上不同的颜色，整合KEGG pathway map图、基因表达，代谢组等信息。
The pathview downloads and uses KEGG data. Non-academic uses may require a KEGG license agreement (details at http://www.kegg.jp/kegg/legal.html).
数据说明
输入为两列：第一列是基因id或者化合物id或者药物id。其中基因id来自该KEGG pathway页面Gene栏最左侧的id（绝大部分是纯数字的entrez基因id，也有不是纯数字的基因id）；化合物id来自Compound栏最左侧的id（C开头）；药物id来自Drug栏最左侧的id（D开头），第二列是数值（此数值只要有意义就行，不一定非得是log2fc，也可以是表达值，甲基化程度等等）。
其中，第一行第一列为KEGG ID，可以在KEGG官网查询，例如NF-kappa B signaling pathway - Homo sapiens (human)对应的KEGG ID为hsa04064。
第一行第二列为log2FC（可以随便写，但是不要有特殊符号）。
更多高级应用，请参考pathview官方网站（https://pathview.uncc.edu/）
论文例子
Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.
输入 示例数据
输出

如何引用？

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正式引用：Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节：Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节：We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.