注意:输入数据格式(行、列)必需与右侧示例一致,制表符分割
1,数据来自excel,直接拷贝待绘图数据,粘贴到输入数据框即可
2,数据来自txt,各列需要制表符(tab键)分割,直接拷贝数据,粘贴到输入数据框即可
必需输入
绘图数据:


输出格式
png(原生图,较慢)
png2(基因等重新调整的图,较快)
此图需要下载kegg xml文件,约15s 出图
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pathview渲染kegg pathway map


简介 使用Pathview R包重新渲染KEGG Pathway map。根据输入数据,在相关基因对应的框上加上不同的颜色,整合KEGG和表达(或者其他数值)等信息。
数据说明
基因数据:首行,首列为KEGG ID(一般Pathway分析后都有这个id,没有的话去kegg网站查)。其他为类似表达谱形式的矩阵,行为基因(必需是geneid,数字形式。没有的话,用在线转换网站转下,仅支持常规物种,特殊物种不一定可以),列为样品,行列交叉处为数值
化合物数据:暂不支持!仅支持human,mouse,rat

不满意?请使用官方在线工具 生物医学常见应用举例
将表达或者其他信息(例如倍数变化),整合到KEGG pathway map中,以直观地查看。例子:Characterization of Stem-like Circulating Tumor Cells in Pancreatic Cancer Fig 5C.
输入
hsa00510	fold change
56052	-4.409268726
2530	-3.644698478
11320	-4.093467216
6480	-2.072146971
2683	-3.917641795
79796	-4.528640077
29929	-4.241962182
79868	-5.828763579
4124	5.182839261
7841	2.488494443
8818	3.597221268
84920	2.896742658
84620	4.367161356
4249	2.597164048
8703	4.904758641
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用
  • 本站内容未公开发表paper,如需引用,请使用如下格式,或者原生R包:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.