GO,Pathway富集结果气泡图
简介:
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具
metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
数据包括4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
生物医学常见应用:
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子:
Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4
输入
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pathway enrichment pvalue count
RNA transport 4.807258641 1.55862E-05 15
Epstein-Barr virus infection 4.569261748 2.69611E-05 16
HTLV-I infection 3.814616521 0.000153244 17
Tuberculosis 3.454180941 0.000351414 13
MAPK signaling pathway 3.378131581 0.000418667 16
Neurotrophin signaling pathway 3.212102971 0.000613617 10
Long-term potentiation 3.000035266 0.000999919 7
Dopaminergic synapse 2.967026455 0.001078881 10
Endocytosis 2.841316731 0.001441064 15
Herpes simplex infection 2.775219173 0.001677957 12
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输出 |
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常见问题
1,如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2,为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
3,导出图片?
默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用
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4,编辑图片,以满足杂志需求?
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inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
5,如何引用
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Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.