GO，Pathway富集结果气泡图

简介：
利用气泡图，将富集结果的p值以颜色表示，基因数用气泡大小表示。如何获得该数据，可以使用在线工具metascape提交基因，计算富集，得到结果后进行绘图
数据说明：
数据包括4列，第一列是富集的名字（Y轴显示内容），第二列是富集倍数（X轴显示内容，若没有这个数据，可以用其他值代替，例如gene ratio等，都没有的话，1，用-log10(pvalue)代替这一列；2，用count代替这一列），第三列是p值（或者fdr也可以，即图中的颜色，根据p值变化），第四列是基因数（气泡大小）
生物医学常见应用：
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子：Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4

输入

pathway enrichment pvalue count RNA transport 4.807258641 1.55862E-05 15 Epstein-Barr virus infection 4.569261748 2.69611E-05 16 HTLV-I infection 3.814616521 0.000153244 17 Tuberculosis 3.454180941 0.000351414 13 MAPK signaling pathway 3.378131581 0.000418667 16 Neurotrophin signaling pathway 3.212102971 0.000613617 10 Long-term potentiation 3.000035266 0.000999919 7 Dopaminergic synapse 2.967026455 0.001078881 10 Endocytosis 2.841316731 0.001441064 15 Herpes simplex infection 2.775219173 0.001677957 12

输出

常见问题

1，如何作图？

1，准备作图数据；2，用excel打开数据，调整为示例格式；3，将调整后的数据粘贴到输入框；4，选择参数；5，提交出图

2，为什么不出图？

程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括：非制表符分割，数据列数不对，没有带title等

3，导出图片？

默认提供3种类型图片供下载：pdf, svg和png（300 dpi），部分未提供的，请在生成图片上点击鼠标右键，选择另存为（直接是svg格式文件，文件后缀不用改）。推荐使用chrome浏览器

4，编辑图片，以满足杂志需求？

默认Arial字体，8 x 6（或6 x 6）大小（inch）。下载Inkscape软件（最兼容，推荐，inkscape常用技巧），打开另存的svg文件，修改布局，文字等后，导出pdf或其他格式图片

5，如何引用

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Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.