GO、pathway富集结果圆圈图
简介
使用圆形展示富集结果。从外到内依次为:分类(颜色一样的为同一分类),term总基因数(该term里边包含的基因数,颜色表示该term的富集p/q/fdr值),term中up或down的基因数,rich factor(第3通道基因数/第2通道基因数)。
数据说明
1)仅包含up或者down基因数的结果:第一列为GO或者KEGG条目名;第二列为分类,可以绘制1-4类;第三列为总基因数(一般为输入数据中所有term里边基因的并集数取整);第4列为该term中包含的基因数;第5列为该term富集的p值(或者q值,FDR值等),第6列为做富集分析时输入基因与该条目重叠的基因数;第7列为第6列vs第4列的比值。
2)既包含up基因数,又包括down基因数的结果:第一列为GO或者KEGG条目名;第二列为分类,可以绘制1-4类;第三列为总基因数(一般为输入数据中所有term里边基因的并集数取整);第4列为该term中包含的基因数;第5列为该term富集的p值(或者q值,FDR值等),第6列为做富集分析时输入基因与该条目重叠的基因数(up);第7列为做富集分析时输入基因与该条目重叠的基因数(down);第8列为第6+7列vs第4列的比值。
论文例子
Comparative analysis of drought-responsive physiological and transcriptome in broomcorn millet (Panicum miliaceum L.) genotypes with contrasting drought tolerance. Fig6
如何引用?
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.