用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  环形聚类图使用
注:1)名字不要带特殊符号;默认显示名字时,勿超过100行
注:2)行名太长时(例如超过20个字符),请增加图片宽度

可选输入
图片大小
图片宽度(圆形,故宽度和高度一致):

字体大小
行(基因)字体大小:
列(样品)字体大小:

角度
起始角度:
gap角度:

样品名位置微调
周向位置(圆周上,越大,距离热图越远):
径向位置(半径上,越大,越靠圆心):

热图track大小(值越大,热图越宽):

颜色
低颜色:
中间颜色:
高颜色:

小矩形(cell)边框


是否scale(zscore转换)


是否显示行名(基因名)


是否行聚类(默认列不聚类)


聚类树track大小:
聚类树颜色数(根据聚类情况对不同的分支上色):
注:颜色数不能大于基因数

聚类方法



距离方法


字体


环形聚类图

简介
利用颜色表示表达值(原始或标准化),并使用距离矩阵进行聚类。此图调用circlize包(Gu, Z. circlize implements and enhances circular visualization in R)绘图。默认仅对行进行聚类,没有scale。
数据说明
数据为矩阵形式。第一行为样品名,每列一个样品,其余行为数据行(例如基因表达值)。
论文例子
Gu, Z. circlize implements and enhances circular visualization in R Fig 1.
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输出

如何引用?

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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.