冲积图(alluvial plot)
使用冲积图来绘制ceRNA网络,数据包括3列(mRNA-miRNA-LncRNA)。也可以推广到其他具有网络性质的数据上。
输入
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id mRNA miRNA LncRNA
1 mRNA4 miRNA1 lncRNA2
2 mRNA4 miRNA3 lncRNA3
3 mRNA3 miRNA5 lncRNA3
4 mRNA2 miRNA5 lncRNA2
5 mRNA8 miRNA4 lncRNA1
6 mRNA8 miRNA2 lncRNA3
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输出 |
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常见问题
1,如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2,为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
3,导出图片?
默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用
chrome浏览器
4,编辑图片,以满足杂志需求?
默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载
Inkscape软件(最兼容,推荐,
inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
5,如何引用
本站内容未公开发表paper,如需引用,请使用如下格式,或者原生R包:
Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.