注意:输入数据格式(行、列)必需与右侧示例一致,制表符分割
1,数据来自excel,直接拷贝待绘图数据,粘贴到输入数据框即可
2,数据来自txt,各列需要制表符(tab键)分割,直接拷贝数据,粘贴到输入数据框即可
必需输入
绘图数据:


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显著阈值(即水平线,请填0.00001或者1e-4格式):
显著阈值线颜色:
显著点颜色:

是否绘制密度
不绘制 绘制
bin
binsize(计算密度用的区间大小):
binmin:
binmax:

颜色
低颜色:
中颜色:
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曼哈顿图

简介
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP。图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。基因位点的Pvalue越小即-log10(Pvalue)越大,其与表型性状或疾病等关联程度越强。而且通常来说受到连锁不平衡的影响,强关联位点周围的SNP也会显示出相对较高的信号强度,并依次向两边递减,所以会出现上图中红色部分的现象。一般,在GWAS的研究中,Pvalue的阈值在10^-6 或者10^-8以下。参考:https://www.jianshu.com/p/1edc44fe922f
数据说明:
第一列是SNP名字,第二列是染色体(不带chr);第三列是位置;第四列为p值。调用R包:CMplot
生物医学常见应用举例: 参考:Genome wide association studies for yield and its component traits under terminal heat stress in Indian mustard (Brassica juncea L.) Fig3
输入 示例数据
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 默认提供3种类型图片供下载:pdf, svg和png(300 dpi),部分未提供的,请在生成图片上点击鼠标右键,选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,8 x 6(或6 x 6)大小(inch)。下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用
  • 本站内容未公开发表paper,如需引用,请使用如下格式,或者原生R包:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.