拷贝数变异(CNV)获得和缺失百分比柱状图
简介
拷贝数变异(copy number variation, CNV)指某段DNA序列(通常大于1kb)的拷贝数,与参考基因组相比出现了差异。
获得(Gain):指拷贝数增加。正常情况下基因有两个拷贝,如果检测到3个或更多,就称为获得。
缺失(Loss):指拷贝数减少。比如两个拷贝变成了1个或0个,就称为缺失。
“百分比”通常指发生该变异(获得或缺失)的样本,占总分析样本的比例。比如在研究报告中,会看到某个基因在肿瘤样本中“获得百分比为15%”,意味着15%的患者肿瘤里,这个基因拷贝数增加了。
输入说明
数据包含3列:第1列是基因名;第2列是gain的百分比;第3列是loss的百分比。
论文例子
Characterization of PANoptosis-related expression pattern, prognosis and tumor microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma Fig 2c.
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.