对染色体区域进行基因注释
简介
使用chipseeker R包对来自chip-seq, ATAC-seq,cut & tag等的富集峰(peak)区域进行基因注释,链接位置和基因信息(一般不考虑链方向)
输入数据
输入为bed格式:前3列为chrom,start,end,后边几列可选(注意:首行必需表明每一列数据是什么,即带表头。表头将用在最终的excel中,不要用特殊符号)
论文例子
示例
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示例数据
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输出 |
输出分成2部分:第一部分是输入的内容,第二部分是注释内容,包括:peak所在的基因组特征分类(例如3'UTR,5'UTR,promoter,intergenic等),基因名,描述等信息
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如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.